Nem sokkal a könyvtár újbóli megnyitása után, 2012 áprilisában, Marino Massimo de Caro, az intézmény igazgatója bejelentette, hogy az állományból 1500 könyv hiányzik. Április 20-án a nápolyi nyomozóhatóságok bezáratták a könyvtárat. Marino Massimo de Carót felmentették hivatalából, és lopásért eljárást indítottak ellene. Május 18-án 1000 könyvet (közülük 240-ben szerepelt a könyvtár pecsétje) megtaláltak egy raktárban, Massimo Marino de Caro szülővárosában, Veronában. Május 24-én Carót négy másik gyanúsítottal együtt letartóztatták. Egy feltételezett ötödik elkövetőt még keresnek. Mindeközben Massimo Marino de Caro beismerő vallomást tett: több ezer könyvet tulajdonított el a könyvtárból. A rendőrséggel együttműködik, hogy felleljék az időközben eltűnt kiadványokat.
Több könyvet azonosítottak már, s lefoglalták őket Münchenben (16 darab), Londonban (28 darab), illetve New Yorkban és Tokióban.
Massimo Marino de Caro vallomásából csak annyi derül ki, hogy 1500-nál több könyv került ki az állományból, részletes listát mindezidáig sem a könyvtár sem pedig a hatóságok nem tettek közzé. Valószínűsíthető, hogy nagyszámú könyv került Európa és a világ könyvpiacára. A kiadványokban többnyire szerepel a könyvtár vörös pecsétje, közepén a Madonnával, de egy részükben nincs pecsét. Az olasz hatóságok már több ország együttműködését kérték, az Interpol francia központja is segíti a nyomozást.
Az ILAB vezetősége felhívja tagjainak figyelmét arra, hogy igen gondosan járjanak el a vásárlásokkor, és vizsgálják felül mindazon kiadványokat, amelyeket 2012 januárja és májusa között vásároltak. Többnyire a 15. és a 17. század között nyomtatott itáliai könyvekről van szó. A szövetség a lehető leghamarabb eljuttatja tagjainak azt a listát, amelyet a könyvtár alkalmazottai és a hatóságok közösen állítanak össze.